约在三千万年以前,人类处于超古代文明时期,守护人类的巨人们发生内战,原是地球最强的黑暗战士迪迦在受幽怜的感动后选择成为光之战士,使其黑暗力量长眠。奇杰拉花朵盛开,人们全部都陷入了因奇杰拉的花粉而产生的幻觉,认为已不再需要巨人。光之巨人不能干涉人类的选择,于是巨人把自己战斗的躯体隐藏在金字塔后,化作光离开了地球。邪神加坦杰厄带着毁灭的黑暗降临,超古代文明毁灭。
21世纪初期,地球不再有侵略和战争,人类期盼已久的和平终于到来了。地球防卫军(UNDF)也因此完成了历史使命,TPC( 地球和平联合组织) 成立,人类迎来了新的时代。
但是,如超古代警卫团团长幽怜所预言:"哥尔赞"及"美尔巴"出现了。在怪兽攻击的目标——金字塔内,发现了3座巨大的石像。2座巨石像被怪兽摧毁!在这紧要关头,因为继承了超古代战士的基因,大古和金字塔的迪迦石像结合在了一起,并融身于剩下的石像内。由此,迪迦苏醒了!