为了救神谷薰,绯村剑心纵身跃入大海,昏迷中他飘到某座小岛,最终为传授了他飞天御剑流的师父比古清十郎所救。 深感到自身与志志雄真实的巨大差距,为了拯救全日本,剑心恳请师傅传授他飞天御剑流的最高奥义。 与此同时,志志雄剑指东京,迈出武力夺国的下一步。 他强迫伊藤博文对刽子手拔刀斋发布全国通缉令,得知消息的薰、左之助则匆匆向东京赶去。 再度上路的剑心率先遭到御庭番众的首领四乃森苍紫的阻击,他一路披荆斩棘,将迎来与宿命的对手志志雄最终的对决……