在《神奇动物在那里》第一部的结尾,纽特·斯卡曼德协助美国魔法国会,将强大的黑巫师盖勒特·格林德沃抓捕归案。
但格林德沃不久便兑现狂言成功越狱,并开始纠集信徒,着手实现他们的邪恶目的:让纯血统的巫师成为统治阶层,镇压一切非魔法生物。
为挫败格林德沃的阴谋,阿不思·邓布利多向昔日的学生纽特·斯卡曼德寻求帮助。
纽特欣然允诺,却没有意识到,他将踏上的会是一段充满艰险的未来征途。
此时的魔法世界面临空前的分裂乱局,阶层鸿沟日益加深,爱与忠诚备受考验,至亲好友也可能反目成仇。